
如何寻找某个转录因子调控的靶基因?我的世界靶基因在哪里
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如何寻找某个转录因子调控的靶基因?
转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域,你可以做一个chip-seq实验,然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的DNA区域,那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因。
然后在针对这些疑似基因做转录因子KO之后的该基因mRNA水平检测(realtimePCR)确定是否受其调控。基因的结构元件有哪些?分别有什么作用?
启动子 是基因(gene)的一个组成部分,控制基因表达(转录)的起始时间和表达的程度。
增强子(enhancer)指增加同它连锁的基因转录频率的DNA序列。增强子是通过启动子来增加转录的。
终止子 英文名为terminator T,是给予RNA聚合酶转录终止信号的DNA序列。在一个操纵元中至少在构基因群最后一个基因的后面有一个终止子。
操纵子(operon):指启动基因、操纵基因和一系列紧密连锁的结构基因的总称。转录的功能单位。很多功能上相关的基因前后相连成串,由一个共同的控制区进行转录的控制,包括结构基因以及调节基因的整个DNA序列。主要见于原核生物的转录调控,如乳糖操纵子、阿拉伯糖操纵子、组氨酸操纵子、色氨酸操纵子等。
怎样找到一个microRNA的靶基因?
这里有一个软件:miRTarBae,不错!它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA,即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能!目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3(Suppressorofcytokinesignaling3)
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